公共实验平台(以下简称平台)依托西南作物基因资源发掘与利用国家重点实验室，自2018年筹建以来，经过学校对平台专项仪器设备采购以及农学院、水稻研究所、小麦研究所和玉米研究所等兄弟院所仪器设备划转支持下，目前平台有大型仪器设备近300台（件），价值6000余万元，可供校内外预约使用。平台现有专职实验管理人员3名，负责仪器设备的运行管理和使用培训等。
公共实验平台主要由组织与细胞分析、元素分析、代谢分析、蛋白分析、基因分析、人工气候等功能区构成。
组织与细胞分析室仪器配置包括：透射电子显微镜、徕卡超高分辨激光共聚焦显微镜、蔡司冷冻传输场发射扫描电镜、多用途扫描电镜、激光共聚焦显微镜、X射线单晶衍射仪、蔡司荧光显微镜、徕卡体式荧光显微镜、尼康荧光显微镜。主要用于动植物及材料等样品表面或组织细胞内部结构、亚细胞定位、细胞发育情况观察、示踪表达等。
元素分析室仪器配置包括：低场核磁共振成像与分析系统、离子色谱仪、元素分析仪、总有机碳分析仪、全自动定氮仪、原子吸收光度计、近红外谷物分析仪、多功能成像系统。主要用以测定有机酸、有机碳、糖类、各类金属元素、氮磷钾、粗蛋白、脂肪、淀粉等元素或成分的定量分析。
代谢分析分为气相色谱室和液相色谱室，气相色谱室仪器配置包括：气相色谱仪和三重四级杆气质联用仪，用以低极性、挥发性代谢物的定性定量分析；液相色谱室仪器配置包括：超高效液相色谱四级杆飞行时间质谱联用仪侧重于代谢物的定性分析、三重四级杆液质联用仪侧重于痕量代谢物的定量分析、半制备高效液相色谱仪和凝胶渗透色谱仪主要用于中高极性代谢物含量的测定。
蛋白分析室仪器配置包括：流式细胞仪、非损伤微测系统、蛋白质层析纯化系统、蛋白结晶系统、多功能成像系统、叶绿素荧光成像系统、全自动蛋白质表达定量分析系统、分子成像系统、植物分子成像系统、大分子互作分析系统、等温滴定量热仪、差示扫描微量热仪、全自动密度梯度制备与分离分析系统、质构仪、电感耦合等离子体发射质谱仪、便携式X荧光重金属分析仪。
基因分析室仪器配置包括：遗传分析仪、集成式纳米芯片数字PCR仪、高速PCR仪4台、酶标仪2台、实时定量PCR系统、荧光定量PCR仪2台、定时荧光定量PCR仪、毛细管电泳分析仪2台、植物逆境胁迫系统、紫外可见分光光度计、自动化液体处理工作站、全自动氨基酸分析仪、快速湿转仪、蛋白染色仪、全自动蛋白印迹系统2台、全自动体式显微镜、超薄切片机、冷冻切片机、激光纤维切割系统。
另有全自动核酸样品质控系统、个人基因分子标记遗传分析系统、凝胶色谱净化仪、高通量CTAB核酸提取系统、CTAB离心模块、CTAB研磨仪、全自动纤维提取仪、植物多功能成像系统、微波化学工作平台、冷冻干燥机放置于基因组分析室、表型分析室、前处理分析室和人工气侯室等。
